제2차 세계 대전의 발발로 물자 부족에 직면한 도이치 그라모폰은 다시 침체를 겪게 되었고, 1941년에 전자 기계 회사 지멘스 & 할스케에 인수되었다.

제작이 삭감되었지만, 1942년 브루노 키텔이 지휘하는 <마태 수난곡>과 같은 레코딩 프로젝트가 진행되었다(원판은 잠수함으로 일본에 전달되었다. 니폰 폴리도르는 1만 7천장을 주문했다).

1942년 5월 9일 게슈타포는 DG가 유대인 음악가와 녹음 하는 것을 원칙적으로 금지했고, 기왕에 그들과 만든 모든 음반을 폐기하라고 명령했다.

이 시기에도 카라얀이 베를린 슈타츠카펠레와 콘세르트허바우, 베를린 필하모닉, 토리노의 RAI 오케스트라를 지휘한 몇몇 음반이 계속 발매되었다. 1943년에는 슈트라우스 자신이 지휘하는 <영웅의 생애>가 녹음되었다.

전쟁이 끝난 뒤 소규모 제작 공장이 베를린에 문을 열었고, 하노버에 있던 파괴된 공장과 사무실도 재건되었다.

1946년 도이치 그라모폰은 처음으로 마그네틱테이프를 이용해 녹음하는 회사가 되었다. 이듬해에는 아르히프 프로덕션이 설립되어 고음악을 장려했다. 그 첫 녹음은 뤼베크의 야코비 교회에서 헬무트 발하가 연주한 바흐였다. 발하는 향후 30년 동안 이 레이블과 긴밀한 관계를 이어간다.

1949년 독일 내 ‘히스 마스터스 보이스’ 로고에 대한 독점권이 엘렉트롤라(EMI 독일)에 팔렸고, 옐로 도이치 그라모폰 레이블의 튤립 왕관 로고가 세상에 나왔다.

오이겐 요훔과 페렌츠 프리차이(1950년대 회사의 주요 아티스트가 된다), 디트리히 피셔 디스카우가 옐로 레이블에서 첫 녹음을 냈다.